Lungo la strada provinciale che collega Latera a Farnese, la cappella di San Sebastiano costituisce la prima tappa di sosta per il viandante che si trova ad attraversare la Caldera di Latera
Un verbale del Consiglio Generale della Comunità di Latera, nel 1579, la definisce di jus patronato (ovvero di diritto della medesima Comunità) e, pur senza indicarne la dato di fondazione, che resta sconosciuta, la ritiene molto antica. La chiesa, a croce greca con tre cappelle dedicate alla Concezione della Beata Vergine (centrale), a San Luca (sinistra) e ai SS. Francesco Saverio, Felice Cappuccino, Macario Abate e Isidoro Agricola (destra) aveva come unico annesso una piccola sacrestia. La decorazione pittorica della cappella della Beata Vergine, realizzata nel 1670, è opera del pittore senese Francesco Nasini (1611-1695), attivo nel territorio tra Toscana e Alto Lazio, e rappresenta l'Immacolata Concezione, la SS. Trinità, San Pancrazio e San Sebastiano. Nella cappella di destra sono ritratti i quattro Santi confessori (Francesco Associo, Felice Cappuccino, Macario Abate e Isidoro Agricola) de ignoto pittore: sappiamo però da alcuni documenti che nel 1670 il dipinto già esisteva. Probabilmente i dipinti si devono al restauro e alla ristrutturazione operati dopo il 1638, data in cui la cappella risulta in rovina: la Comunità di Latera provvide non solo alla riparazione, ma, con l'aiuto delle elemosine dei Lateresi, l'abbellì e l'ampliò; nel 1670 la chiesa restaurata venne inaugurata con la benedizione del Vescovo Mons. Domenico Massimi e da quel momento subì ancora momenti di degrado e di restauro, fino all'intervento del 1995.
